1 kb DNA Ladder (-dye)

Ladder 제품류의 경우 -20°C에서 보관하는 것을 권장하고 있습니다. Nuclease 등의 오염이 없다면 상온에서 6개월정도 성능이 유지되며 냉장보관 시 상온에서 보관하는 것보다 더욱 안정하게 사용 가능합니다. 반복적인 냉·해동은 제품의 성능을 저하시킬 수 있으므로 제품 수령 후 분주하여 냉동보관하시는 것을 권장 드립니다.

자사의 Ladder류 제품은 상온에서 6개월 정도 성능이 유지되므로 사용상 문제는 없습니다, 하지만 유효 기간 내에 균일한 성능으로 제품을 사용하기 위해서는 가능한 제품을 수령 받은 즉시 냉동 보관 부탁드립니다.

Tracking dye의 포함 여부를 말합니다. Dye의 포함 유무를 구분하기 위하여 -Dye와 Dye로 표시하고 있습니다. Tracking dye는 실제 DNA를 염색하는 것이 아니라 시료에 색깔을 주어 Loading을 용이하게 하고 전기영동 중 DNA의 위치를 가늠할 수 있도록 하는 염료를 말합니다. Transilluminator를 이용해 DNA band를 확인하기 위해서는 Detection dye를 별도로 이용하셔야 합니다. 자사에서는 GreenStar™ Nucleic Acid Staining Solution(#C-9036)을 판매하고 있습니다.

Ladder 제품류에 포함된 Dye는 Tracking dye로 Bromophenol Blue, Xylene, Cyanol FF 성분이 포함되어 있으며, Dye 함유량의 경우 제품 매뉴얼 ‘Storage Buffer’를 참고하시길 바랍니다.

네, Transilluminator를 이용해 DNA band를 확인하기 위해서는 Detection dye를 별도로 이용하셔야 합니다. 자사에서는 GreenStar™ Nucleic Acid Staining Solution(#C-9036)을 판매하고 있습니다.

현재 자사에서는 Detection dye가 포함된 DNA Ladder 제품은 판매하고 있지 않습니다.

세가지 제품 모두 DNA Size는 동일하며, 농도 및 dye 포함여부에 따른 차이가 있습니다.

• D-1040: 고농도 제품입니다.
• D-1040-1: 저농도 제품입니다. Well 당 loading 하는 부피를 크게 하여 전기영동을 용이하게 한 제품입니다.
• D-1042: Dye가 포함되어 있지 않은 제품이며, 사용자가 직접 dye를 포함하여 사용할 것을 예상하여 D-1040에 비해 농도가 높은 제품입니다.

Pre-casting 방식으로 전기영동시 형광염료가 DNA mobility에 영향을 미쳐 일어난 현상으로 아래 3가지 trouble shooting 제안드립니다.

• 20 ng 이하의 DNA 사용 및 well 당 2 ul 사용할 것을 권장드립니다.
• 전기 영동에 사용되는 TAE buffer의 pH가 맞지 않을 경우에도 비슷한 증상이 나타날 수 있으니 사용하시는 buffer의 pH 확인 권장드립니다.
• Post-staining 방법으로 실험하시는 것을 권장드립니다.
  • 2가지 사용 방법에 대한 내용은 GreenStar™ Nucleic Acid Staining Solution 홈페이지 링크를 통해 확인 가능합니다.
  • Pre-casting 방법: 자주묻는질문탭 - Pre-casting 방법 이용할 때 (Q1.)
  • Post-staining 방법: 자주묻는질문탭 – Post-staining 방법 이용할 때 (Q1.)

※ 문제해결이 되지 않을 경우 ss@bioneer.co.kr로 연락바랍니다.

DNA size와 Agarose gel의 농도가 맞지 않은 경우 DNA의 분리가 충분히 이루어지지 않을 수 있습니다. 아래 표를 참조 하시어 적절한 농도의 Agarose gel을 이용해 주시기를 바랍니다. 그리고 전기영동 시간이 충분하지 않아 분리가 되지 않을 수도 있으니 시료가 Agarose gel을 빠져나가지 않는 선에서 충분한 시간동안 전기영동을 해보시기를 권장 드립니다.

Fig 1. Agarose gel concentration for resolving linear DNA molecules.

* Introduction to Agarose and Polyacrylamide Gel Electrophoresis Matrices with Respect to Their Detection Sensitivities 자료 발췌

Gel 제조/보관의 문제가 있을 경우 해당 문제가 발생할 수 있습니다. EtBr 대체제로 나온 형광 Dye의 특성상 빛에 의해 형광물질이 분해됩니다. Gel 제조 시 Dye를 넣어서 제조할 경우 시간이 지남에 따라 선명도가 떨어질 수 있습니다. 또한 분석하고자 하는 핵산의 크기가 작을 경우 TAE buffer 보다는 TBE buffer를 사용하는 것을 권장 드립니다.

Ladder는 Linear DNA로 이루어져 있어 정확한 Size 비교는 Linear form에서 가능합니다. Plasmid DNA는 Open Circular/Linear/Supercoiled으로 추출되며 정확한 사이즈를 확인하고자 한다면 Enzyme cutting을 권장 드립니다.

두가지 제품은 사용하는 목적 및 특징에 따른 차이가 있습니다.

TAE Buffer	TBE Buffer
Tris, Acetic acid, EDTA 함유	Tris, Boric acid, EDTA 함유
DNA 분자량이 큰 경우(12 kb 이상의 Size)	DNA 분자량이 작은 경우(1 kb 이하의 Size)
낮은 이온 강도	높은 이온 강도
Buffering Capacity 낮아 여러 번 반복 사용 불가능 ※ 전기 영동 시 사용 전압은 5 V/cm (양쪽 전극간 거리1 cm당 5 V)나 그 이하일 경우 선명한 DNA band를 얻을 수 있음. * 장치마다 사용 전압은 약간의 차이 있음.	Buffering Capacity 높아 여러 번 반복 사용 가능
장기간 전기영동 시 Buffer 교체 필요	비교적 열이 덜 발생되어, TAE Buffer에 비해 오랜 시간 사용 가능
※ DNA Elution 실험을 진행할 경우 borate가 방해하는 역할을 하므로 TAE Buffer 추천 ※ DNA Sequencing 실험을 진행할 경우 높은 Buffering Capacity와 낮은 Conductivity로 TBE Buffer 추천 ※ EDTA의 역할: DNase inhibition에 의한 DNA 분해 방지, 전기영동에 필요한 DNA의 (-) charge 유지

TBE Buffer에는 boric acid(borate)가 함유되어 있어 5X 이상으로 제조 된 경우 Room temperature 이하의 온도로 내려가면 결정이 생기는 현상이 발생하여 TBE Buffer는 5X로 제조되고 있습니다. 이러한 이유로 TBE Buffer는 제품을 수령 받은 이후 빠르게 소진하는 것을 권장 드립니다.

DNA와 동일한 길이라 하더라도 단일 가닥의 RNA는 DNA와 전하량이 다르기 때문에 Running 속도가 다릅니다. 대략적인 크기를 확인하기 위해서 DNA marker를 사용할 수는 있으나 정확한 크기를 확인해야 하는 경우 RNA 전용 marker를 사용해야 합니다.