In-vitro transcription(IVT)라고도 알려진 mRNA 합성은 특정 유전자의 mRNA를 합성하거나 연구 목적으로 RNA 분자를 만들기 위해 사용됩니다. IVT는 RNA polymerase와 전사에 필요한 다양한 요소들을 결합시켜 유전자의 RNA를 생산하는 과정으로 진행됩니다.
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1. Cap:
- Cap은 진핵생물의 mRNA의 5' 말단에 위치한 특이한 nucleotide로 이루어져 있습니다.
- Cap은 mRNA의 보호, translation 효율 증가, 면역반응 조절 등을 위해 필수적인 요소입니다.
- Cap-0: mRNA 5’말단에 7-메틸구아니노(m7G)라는 특이한 nucleotide로 이루어져 있습니다.
- Cap-1: Cap-0에 추가적으로 첫 번째 nucleotide의 2’-OH기를 methyl기로 치환한 구조를 의미합니다.
2. 5' & 3’ Untranslated Region (UTR):
- UTR은 mRNA의 번역되지 않는 영역을 의미합니다. UTR은 mRNA의 5' 말단(5' UTR)과 3' 말단(3' UTR)에 위치하며, mRNA의 번역 효율, 안정성, 국소화 등을 조절하는 중요한 역할을 합니다.
- 5' UTR: mRNA 분자의 5' 말단에 위치하며, 코딩 영역(CDS) 앞에 위치합니다. 5' UTR은 다음과 같은 기능을 수행합니다:
- 번역 개시: 번역 개시 복합체(eIF4F)가 결합하여 번역을 시작하는 위치를 결정합니다.
- 번역 효율 조절: UTR 내에 존재하는 특정 구조 요소는 번역 효율을 증가시키거나 감소시킬 수 있습니다.
- mRNA 안정성 조절: UTR 내에 존재하는 특정 구조 요소는 mRNA의 안정성을 증가시키거나 감소시킬 수 있습니다.
- 3' UTR: mRNA 분자의 3' 말단에 위치하며, 코딩 영역(CDS) 뒤에 위치합니다. 3' UTR은 다음과 같은 기능을 수행합니다:
- mRNA 안정성 조절: UTR 내에 존재하는 특정 구조 요소는 mRNA의 안정성을 증가시키거나 감소시킬 수 있습니다.
- mRNA 국소화 조절: UTR 내에 존재하는 특정 구조 요소는 mRNA가 세포 내 특정 위치로 이동하도록 조절할 수 있습니다.
- 번역 후 조절: UTR 내에 존재하는 특정 구조 요소는 단백질 번역 후 mRNA의 분해, 개질, 운송 등을 조절할 수 있습니다.
3. Coding Region Sequence (CDS):
- CDS는 유전 정보를 담고 있는 핵심적인 부분이며 단백질 발현의 기본 단위입니다.
- mRNA는 4가지 염기(A, U, C, G)로 구성되어 있으며, 3개의 염기 서열(codon)은 특정 아미노산을 코딩합니다. 시작 codon(ATG)으로 시작하고 종결 codon(TAA, TAG, TGA)으로 끝나는 연속적인 codon 서열로 이루어져 있습니다.
- CDS는 원하는 단백질 서열을 바탕으로 DNA 서열을 설계할 수 있으며 유전자 합성 기술을 통해 원하는 DNA 서열을 합성할 수 있습니다.
4. Poly(A) tail:
- Poly(A) tail은 아데닌(A) nucleotide가 연속적으로 연결된 꼬리를 의미합니다. mRNA의 3' 말단에 위치하며, 약 50~250개의 아데닌(A) nucleotide로 구성됩니다.
- Poly(A) tail은 nuclease(RNA 분해 효소)로부터 mRNA를 보호하여 mRNA의 분해를 방지하고 안정성을 높입니다.